北京農學院和半干旱熱帶作物研究所等機構的研究人員利用第二代測序技術完成了小豆全基因組的測序，組裝出了高質量的小豆基因組框架圖，結果顯示小豆有3.4萬多個基因。研究人員還分析了小豆與其他已知豆類基因組的進化關系，結果顯示小豆與菜豆親緣關系zui近。

研究人員測序分析了49份野生小豆、半野生小豆、栽培小豆的基因，證實半野生小豆與栽培小豆的關系近于野生小豆，說明半野生小豆是小豆馴化過程中的初始農家品種。

小豆不同于大豆等其他豆科作物，脂肪含量非常低，平均僅為0.59％，而總淀粉含量較高，平均為57.06％。與此相比，大豆淀粉含量為25.3％，而脂肪含量多達22.5％。新研究表明，相關基因的轉錄水平差異導致了上述差異。

研究負責人之一、北京農學院的萬平教授告訴新華社記者：“小豆是中國傳統小雜糧，研究基礎薄弱。通過基因組測序、組裝和基因注釋，將促進小豆重要農藝性狀基因的鑒定與克隆和分子育種，提升中國小豆的研究水平，加快小豆的遺傳改良。"