免疫系統不僅影響著疾病狀態，也影響科學研究 – 從疫苗開發到白血病，從傳染病到關節炎，從免疫治療到自身免疫。這些領域的探索需要運用各種技術和儀器，從細胞毒性分析到質譜分析。這些技術交織在一起，形成協同效應，比如免疫治療就綜合了免疫學和細胞治療的原理。

每個實驗室在研究具體問題時，無疑都有自己的一套技術。不過，一些新的趨勢正在興起。毫無疑問，這并不是免疫學所*的。但話說回來，免疫學的問題也不屬于單個學科。

多維度分析

一提到免疫學，你通常會想到根據細胞的大小和粒度以及熒光標記來分析（或分選）大量的細胞。流式細胞儀能夠根據抗原受體的存在對免疫細胞進行分型，比如CD4和CD8抗原的表達。細胞內抗原的染色已變得司空見慣，而分泌的蛋白（如細胞因子）甚至也能同時捕獲和觀察。

賓夕法尼亞大學人類免疫學核心實驗室的主任Eline Luning Prak認為：“目前有著更多維度分析的趨勢，這樣細胞將有著更好的表型分辨率。”這能夠在白血病和淋巴瘤治療后更好地追蹤殘留疾病，也能夠尋找克隆演化。

“zui多15種顏色……流式是目前的，”斯坦福大學醫學院人類免疫監控中心（HIMC）的主任Holden Maecker如是說。不過他提到了另一個更令人興奮的產品，Fluidigm的CyTOF質譜流式細胞儀。這臺儀器有點像流式細胞儀，不過不是利用光檢測器來區分熒光標記的抗體，而是利用原子質譜儀來區分同位素金屬結合的抗體。

“它真的擴展了你在單管中所能開展的分析，并連接了所有數據，”Maecker解釋道。當然，沒有什么是的。CyTOF儀器要比流式細胞儀貴得多，而且它更慢 – 每秒500個細胞，相對而言流式細胞儀每秒能分析多達10,000個細胞。“當你討論稀有細胞，或分析500個樣品時，這就是真正的差異，”他說。

分析這么多的參數，也往往意味著這種技術會超出我們分析數據的能力。研究人員正在利用概率分組、SPADE和概率狀態建模，來分析多色流式細胞儀和CyTOF的數據。Prak指出：“你不能指望你的頭腦。你需要建立一個模型，系統地比較同一患者在不同時間的樣本，或比較這種疾病和那種疾病的患者，并讓電腦說出它們之間的差別，而不僅僅是目測。”

檢測新力量

流式細胞儀不僅能分析蛋白質，也能分析RNA。利用Affymetrix的PrimeFlow™ RNA分析，透化的細胞與互補的寡核苷酸探針一起孵育。之后通過分支DNA（bDNA）信號擴增技術和傳統的流式細胞儀，可檢測RNA。Affymetrix負責eBioscience業務的副總裁Dara Grantham Wright表示：“我們zui多檢測三種RNA，并同時檢測五種蛋白質。”

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